Het instituut is vernoemd naar Willem Adriaan Bonger (1876-1940), hoogleraar sociologie en criminologie aan de Universiteit van Amsterdam. Bonger leverde een belangrijke bijdrage aan de vooroorlogse ontwikkeling van deze twee sociale wetenschappen in Nederland. In 1905 voltooide hij zijn proefschrift “Criminalité et conditions économiques”, waarin hij een verband legde tussen misdaad en economische omstandigheden. In 1913 schrijft hij een ander belangrijk werk, “Geloof en misdaad”, waarin hij het beeld weerlegde dat de ontkerkelijking zou leiden tot meer criminaliteit. Bonger was kritisch over de destijds heersende biologisch georiënteerde ideeën over criminaliteit, en pleitte voor een sociologische benadering. In zijn werk maakte hij ook gebruik van statistische analyses. Hij bezette de eerste leerstoel in de sociologie en de criminologie in Nederland vanaf 1921.

De multidisciplinariteit en maatschappelijke betrokkenheid van zijn werk zijn ook vandaag de dag binnen het Bonger Instituut belangrijke waarden.